为了遏制孱弱的中国海军，日本还组织了第三舰队，负责东中国海方面哨戒，任务是封锁并相机歼灭以上海、广州为基地的中国海军，该舰队由土屋光吉少将指挥，编有战列舰2艘（摄津、石见）战列巡洋舰2艘（金刚、比睿），轻巡洋舰3艘（新高、秋津州、利根），海防舰春日、日进，以及9艘驱逐舰和5艘炮舰。

相比于陆军，日本根本没有将中国海军放在眼里。的确，比起亚洲第一、世界第四的日本海军，中国海军实在是太弱小了。

以日本海军的实力，完全可以攻入长江进入中国腹地。根据日本掌握的情报，中国在吴淞口及长江沿岸并未修筑大型江防炮台，但海军军令部给第三舰队的兵力却仅够封锁上海中国海军。这就有些意思了，俄国对日本的海上威胁已经解除，日本在西太平洋几无敌手，如果彻底消灭中国那几万吨军舰，有什么必要组建以哨戒黄海保证通航的第一舰队？海军是进攻型军种，被动防御注定要吃败仗的。日本人这样排兵布阵，既有外部的因素，更主要的是内部因素。

外部原因之一是因为英法强烈禁止日本攻入长江进入中国腹地以挑起与中国的全面战争。英法担心中国做出过激的反应，就此将中国逼入同盟国阵营，青岛之战后这种情绪尤为强烈。内部因素呢，日本并不准备与中国全面开战，既因财政之困扰，拿不出钱来打一场灭国之战，也因为没有把握。更重要的是他们获知了中国海军拥有两个潜艇编队，拥有20艘以上的进口潜艇，军令部担心舰队的反潜能力不足，如果被中国潜艇击沉大型军舰就是笑话了，所以才编组了以护航为目的的第一舰队和以封锁为目的的第三舰队。日本对中国的海上战略就是封锁，将中国海军堵在港口内就行。

跟阵容豪华的日本海军相比，中国海军就很寒酸了。有些乞丐跟龙王斗宝的感觉。

新中华成立后，全面接管了满清留下的海军遗产，海军以上海、福建、广东为三大基地，对于渤海湾和黄海反而放弃了。这是无奈之举。山东拥有漫长的海岸线，但由于德国和英国舰队的存在，几无中国海军的立足之地，渤海湾自旅顺丢失后，这片中国内海反而没有中国海军的活动空间。于是将基地设于南方，缓慢地积蓄力量，以待时机。

龙谦定都北京的第二个月便组建了海军司令部，以他老资格的总参谋长、山东军司令官方时俊出任海军总司令。龙谦为海军发展确定了“培养人才、积蓄力量、等待时机”十二字方针。确定国防建设的重点在陆不在海，至少在十年内，国家不会为海军建设花大钱。

方时俊正确地理解了龙谦的意图。没有跟陆军建设争资源，而是积极落实龙谦的十二字方针，一方面搜罗人才，请出了萨镇冰、严复、载泽等海军耆宿，组建了福州海军军官学校和上海海军技术研究院，请来了美国海军退役及现役军官充任教官以培养海军人才并展开海军兵器研究。一方面整顿现有力量，组建了东海、南海两支舰队以培训官兵。第三就是大力扶持造船工业，为海军腾飞打下基础。

这个过程中方时俊最展现自己能力的就是搜罗人才。不惜降尊纡贵请出了萨镇冰、严复等人。进而通过他们将满清培养的海军人才“一网打尽”，全部吸纳至新中华海军中。然后又大力招收回国效力的华侨加盟海军，最后则是花大钱聘卿美、德等国的海军教官及技术人才，费尽心力地搭起了海军的架子。

方时俊总理1910年出访美国时，捡起了满清与美国签署的海军一揽子协定，这是美国乐于达成的。但中方修改了原协定的内容，大幅度减少了水面舰只的购置，特别是巡洋舰和驱逐舰的购置，转而购买造船设备，扩充了江南造船厂，添置了大型船坞，并与美国联合成立了美中太平洋航运公司以扩大中美航运能力。当然也买了几艘美国的战舰以满足美国人的要求。至1914年夏，中国海军两支舰队的水面舰只共有巡洋舰7艘，驱逐舰7艘，炮舰11艘，总吨位不足5万吨，其中大半兵力被置于环境相对安全的南海舰队。

至1914年夏，海军总兵力超过了两万人。值得一提的是，海军兵员不是来自于陆军，而是招收自大中学毕业生。海军军官（除了几位耆宿），全部来自福州海军学院（最初学制两年，1913年起延长至3年）及留美、留德的学员。海军中来自陆军的军官（包括海军司令部各级参谋）极少，完全不成比例。这个情况使得海军彻底脱离了陆军，成为了一支观念、思维都与陆军有着极大差别的军种。到了1914年，陆海两军的不同风格已经展现，比如陆军官兵抽烟的居多，而海军官兵则基本没有吸烟着，比如海军军官通一门外语的比例很高，但陆军则很少。导致一些蒙山军高级将领讥笑海军为假洋鬼子。当时，没有任何人意识到海军摆脱陆军自行发展的意义，直到建国二十余年后，海军已经发展为一支不容陆军小觑的大军种，海军才在国家大政上发出越来越强烈的声音。

方时俊并非故意走上“独立”于陆军之外的道路。一方面是因为龙谦要求他立足自身培养人才，另一方面是陆军军官基本不愿意去海军，就连他司令部的组建都费了很大力气。

龙谦虽然确定了先陆后海的原则，但对于海军的投入还是逐年增加的，加上美国的专项贷款，建国五年来对于海军的投入接近了满清打造北洋舰队的总量。这些钱却大部花在了潜艇购买和制造上。

1911年春，中德签订了海军合作秘密协议，除了购买德国2艘最新的u型潜艇外，还委托德国制造4艘同型潜艇并购买了全套图纸，拉开了海军潜艇发展的大幕。以后三年间，购买德国潜艇的数量逐年增加，累计达22艘之多。不仅如此，德国还在1912年转让了一座潜艇工厂和全套的鱼雷技术，中国在南昌建立了鱼雷工厂，可以在德国工程师的指导下在本土建造远洋潜艇及潜艇的主要武器鱼雷。

就潜艇技术而言，德国领先全球，所以中国瞄准了德国而不是美国。1912年底，上海海军技术研究院在德国专家的帮助下设计了一款大型潜艇，这艘潜艇是在德国u型攻击型潜艇基础上改进的，大的结构没有改变，但吨位及全艇尺寸增加了。定员32人，柴油动力，水面1700马力，水下1200马力，水下排水量达到900吨，吃水365米，全高825米，航速水面15节，水下9节，潜深达到50米，最大的变化是取消了德国潜艇装备的105舰炮，使得该型潜艇的武备只剩了鱼雷。可携带16枚鱼雷，共有4具鱼雷发射管（前2后2）。