土默特部是个源远流长的蒙古部落，它诞生于贝加尔湖畔的森林之中，史籍中称为“林中百姓”的“秃马惕”部；在大蒙古帝国时受命镇守过阿尔泰山十二关口，被叫做“十二土默特”；十五世纪开始徙牧于阴山和土默川富饶的土地，成为达延汗时期的蒙古右翼土默特万户。

蒙古崛起初期时，成吉思汗派其长子术赤收复了林木中百姓，并令部将豁儿赤统领秃马惕部。由于蒙古帝国的需要，一些秃马惕人参加了蒙古铁骑征服欧亚大陆的西征和对金朝的战争，参加了对被征服地区的统治而留在了异地。

另一些秃马惕人逐渐迁徙离开了贝加尔湖地区，进入阿尔泰及周边草原地带经营畜牧业，其中部分秃马惕人被派往阿尔泰山的十二个关口驻防。最后这些秃马惕人陆续游牧来到了河套一带，分成十二鄂托克驻牧，史称十二土默特。

达延汗重新统一东蒙古后各部后，即将左、右翼六个万户除兀良哈万户之外的五个万户分封给了自己的子孙。其中把右翼的土默特部分封给四子阿尔苏博罗特。

明朝后期以来，由于蒙古末代大汗林丹汗率领的察哈尔部与后金进行战争，土默特部一部分留住大同边外土默川一带，一部分东迁辽东地区，故有东、西土默特之称。

天聪六年，皇太极调清兵及东部蒙古四子部落、乌喇特部落、茂明安部落征讨宣化、大同边外林丹汗部、西土默特部，该二部战败降清。

此后皇太极便将西土默特部编为左、右翼二旗，设都统、副都统、参领、佐领等官以统辖旗众。

东土默特部则很早就因为畏惧林丹汗的势力而投奔了皇太极，天聪四年东土默特部按皇太极的旨谕，率领各自的部众东迁，到达锦州边外。

所以此时占领河套地区的，就是原本属于清军建制之下的土默特左右两翼旗。

但自从去年的徐州会战以来，满清八旗的力量在关内遭到沉重打击，原本依附于满清的各支附庸力量也纷纷叛离清军。

在关内是以孙三桂和孔有德为首的各路叛王纷纷另谋出路，在塞外地区便是像土默特左右两翼旗这样的蒙古势力，甚至于是远到黑龙江一带的索伦人部落，都开始寻求独立，脱离了清军的管控。