在尚未进入长崎的长崎半岛南端野母崎的权限山上，设置了坚固的石造望所兼信号塔，可以窥见极远处的船只，成为整个长崎防御体系的眼睛。

而用于制敌的则是数量庞大，星罗密布的各处炮台。承应二年（1653），平户藩主松浦镇信受命在大多越、女神、神崎、白崎、高鉾、长刀岩、荫尾七处，设立炮台，这些炮台被称为“古台场”或“在来御台场”。

文化五年（1808），为菲顿号事件所震惊的幕府命佐贺藩主锅岛齐直在女神、神崎、高鉾、荫尾四处增设炮台，这被称为“新台场”。翌年，在岩濑道、稻佐，以及较远的高滨、野母、桦岛（这些都位于长崎半岛的突出部）新设了炮台。

七年，又命福冈藩主黑田齐清在神崎、高鉾、长刀岩增设了炮台，这被称为“增台场”。同年，还在鱼见岳新建了炮台。嘉永六年（1853），佐贺藩主锅岛直正受命又在神岛、伊王岛建设炮台，这被称为“佐贺台场”。

这些炮台互为犄角，拱卫着长崎这座日本唯一的对外交涉窗口，也护翼炮台下的港湾，不使其遭受攻击。

光有炮台自然不行，还需要有足够的兵马驻守。像是咱们的老领导水野忠邦，之前所在的二十五万三千石唐津藩，就需要负责长崎警备的任务。也是因为这个原因，所以唐津藩主每次只需要在江户交代一百日，而其他的大名则需要一整年。

只能在江户交代一百日，当然就不可能担任幕府的老中咯。所以水野忠邦为了实现自己的野望，不惜自削十万石，转封滨松，真是猛人一位。

除开唐津藩，宽永十八年，幕府命福冈黑田家在长崎港入口处的户町和对岸的西泊两处修建番所，并驻兵守备。第二年，命佐贺锅岛家前来交代，之后就成为定例。两藩一年一交代，轮流在长崎驻防。

如果不出意外，这一措施将一直持续二百二十三年，直至元治元年（1864）七月废止。这两处番所由于地处长崎港之冲口，因而被称为冲两番所，又因两处额定驻兵近千人，又名“千人番所”。

常备兵力以外，还有各藩的临时人马辅助这些藩兵。其中，熊本、对马、小仓、平户等四藩派人在长崎常驻，鹿儿岛、长州、久留米、柳河、岛原、唐津、大村、五岛八藩，则是在每年五月中旬到九月下旬（这是外国船到来的高峰，忠右卫门就是要赶这个风信）这段时间内派人驻守。