事件继续发展。就在端方拜访载沣的当日，北京又有七人被捕，其中五人是满人。
5月4日，《顺天时报》报道了对善耆的采访，正式披露了新政权针对满清贵胄的大规模抓捕。善耆控诉新政权对前清要员的政治迫害，声称一切罪名皆属捏造，完全是伪政权对前清要员有计划的清洗迫害。要求国际社会给予关注并对新政权实施制裁。至此，善耆正式走上了卖国之路。
《顺天时报》的日本人主办的华文报纸，在京津两地有着稳定的读者群。对善耆的采访一见报，立即引发了广泛的关注。《大公报》随即披露了北京针对宗社党要员的密捕，证实前清要员铁良、溥伟、载涛已经失踪。不仅如此，大约数十名前清官员以及满族百姓被抓捕抄家。北京数十万满族人处于万分惶恐中。《大公报》的记者申请采访载沣的要求被拒绝，恭亲王府被北京警察厅严密看护，无有警政部的特别证件不能进入这所居住着前清最高统治者的王府大院。
《大公报》的影响力超过了顺天时报。这种情况下，警政部必须出面了。5月6日，新闻出版总署署长秋瑾女士主持召开了记者会，邀请了北京十二家新闻媒体记者参加。警政部副部长兼首都警察厅长许公持扼要通报了4月28日开国大典的未遂行刺案，并宣读了部分涉案人员的证词。许公持说，如果不是善耆造谣，警政部将在案件基本结案后再做通报。之所以现在向新闻界报告事情的大致经过，是因为安定人心的需求。政府绝无清洗迫害前清官员的计划，更不是针对普通的满族群众。新政府自占领北京后的一切行为足以证明，新政府是严格遵循与满清达成的政治谅解协议的。违反协议的不是政府，而是一小撮图谋复辟分子。对于涉嫌谋刺共和国领袖的涉案人员，警政部及司法系统将严格根据法律办事，绝不会牵连无辜。
《中华报》、《每日新闻报》等政府喉舌在转载记者会的同时，组织力量对于善耆的卖国行为进行了严厉驳斥。
但记者会没有透露谋刺案的另一条线索——对民党涉案分子的抓捕情况。
5月8日晚，在广东新安，国安总局的特工抓获了准备出逃香港的疑犯蒋志清。根据已经掌握的证据，将掩护蒋志清潜逃并为其出具假证件提供旅费的东南军区动员部副部长许崇智逮捕。留学日本、和蒋方震、蔡锷、张孝准同期毕业于日本陆士的许崇智是同盟会早期会员，和蒋志清有着相当好的私交。蒋志清潜逃回杭州后，许崇智认为东南特别是上海杭州两地的风声太紧，建议蒋氏去广东暂避。许崇智帮助蒋志清搞到了宁波至广州的船票并亲自护送其上了船。但许氏没想到他早已被掌握蒋志清全部社会关系的国安总局盯上了，之所以不在浙江抓捕，是为了挖掘出更多的线索。但蒋志清到了广州后并未联系任何人，而是一路跑到了惠州，然后又跑到濒临珠江口的新安县，开始图谋乘船出海，国安总局行动处及广州站不再“钓鱼”了，立即实施了抓捕，并迅速动用海军将其押送北京。
蒋志清案牵连到了另一位民党重要人物张增澄。其人以字行，说张静江就熟悉多了。此人为浙江商界巨子，曾大力资助过孙文反清。孙文曾为张氏撰一联：满堂花醉三千客，一剑霜寒四十州。张静江未因孙文失败而出逃国外，依旧做他的生意。据说四月份有人曾在张府见过蒋氏，为此浙江警察厅传讯了张氏，但很快就将其释放了。
张氏被警察厅传讯时间虽短，但引发了浙江富商的恐慌。连张謇都感到不安了，跑去问总理方声远。随着张静江被释放，风波逐渐平息。
蒋志清在新朝并无官职。已经查明蒋氏去年跟随其结义大哥陈其美去了日本。何时回国并着手实施谋刺是以后审讯调查的事了。但国安总局不会放过许崇智。因为许氏是现役军官，警政部无权调查军内，案件转给了国防部，随即开始了对东南及南方两大军区的整肃——当初起义的民党部队基本在这两大军区。一批出身民党的军队将佐被传讯或者逮捕，连总参工程兵司令张孝准、保定军校校长蒋方震及38旅旅长蔡锷都受到传唤——了解许崇智的社会关系。张孝准感到担心，但蒋方震镇定自若，对老同学说，不做亏心事，不怕鬼敲门。我们跟民党又没有来往，你又没有与那些人来往，担心什么？另外，总统依靠的就是这支军队，所以绝不会让军队人人自危的。
蒋方震的估计是对的。对于军队的调查很快就终止了，除了东南、南方两大军区外，其余军区基本没有涉及。而北京关于满清“余孽”的抓捕也渐告尾声，抓人的消息越来越少，而一部分经甄别清白的人已经释放，有公职的重新回到了工作岗位。标志着新朝建立的第一场风波渐告平息了。
但事件是不可能彻底遮掩的。《泰晤士报》迅速报道了关于军队整肃的报导。声称中华共和国政府意图通过一场子虚乌有的谋刺案来清理整肃民党和前清两股势力。
《泰晤士报》是英国人的报纸，在全球具有相当的影响力。这段时间，围绕着唐努乌梁海冲突，该报做了很多歪曲事实的报道。
似乎是要回击英国人，军方喉舌、脱胎于《第五镇通讯》的《国防军报》在5月9日正式报道了唐努乌梁海之战的过程，热情讴歌了为国捐躯的鲁山将军及英勇奋战的北方军区远征军部队，证实该部已经撤出唐努乌梁海——此举不是对俄国军事干涉的屈服，而是顾及远东地区的和平——战事爆发后，一些关心远东局势的国家进行了调停，希望冲突双方保持克制，尽快恢复该地区的原状……这里面就有英国政府。英国政府歪曲事实的报道是不负责任的，是对中国政府及国防军的污蔑，中国人民和军队对此表示极大的愤慨。
《国防军报》声称，唐努乌梁海是中国无可争议的领土，俄军进入唐努乌梁海地区是对中国赤裸裸的侵略。国防军撤出唐努乌梁海，是尊重国际社会调停的表现，要求俄军立即撤出该地区，不然，国防军保留采取军事行动的权力。