其后崇祯亦知此事，言心腹太监曰：“武英侯果然风流人物，此等人必无野心……”

凡朱斌事崇祯无不第一时间知晓，朱斌多方探查朱斌安插在自己身边卧底，未果，乃命黄溪小心从事。其时黄溪俨然已为朱斌手下第一情报来源，江南诸地，皆有其耳目存在。

六月，高迎祥、李自成等为陈奇瑜、卢象升、洪承畴所败，损失惨重，误入车厢峡，被明军包围。峡长四十里，群山矗立，栈道阻断。又逢连雨二十日，弓矢皆湿，粮草匿乏。

七月，李自成献计伪降，用珍宝贿陈奇瑜左右及各将帅，要求投降。陈奇瑜允许他们回籍耕田。贼兵就突破其包围出车厢绝谷，北走宝鸡。不久与张献忠再次在关中汇合，势力复振。他们在北至庆阳、南至盩厔，西至平凉、东至潼关的广大区域内连续作战，不断取得胜利，队伍也不断壮大。

陈奇瑜因失败被捕下狱，后戍边，祟祯以洪承畴代陈奇瑜为五省总督。

官兵之败传到江南，诸将皆言朱斌有先见之明，能人所不能能。朱斌毫无喜色，只命郑天瑞等人押运粮草，以为剿匪之用。

这一年中，江南各地共成立火炮、火器工厂十一处，船厂八处，聘请西洋技师八十一人，朱斌又亲自手绘图纸，命令孔浙扬亲自掌握的工厂秘密生产自己研制的火器。

至这一年的年底，江南军经过反复淘汰，扩编至八万人，又多方采购战马，编练至精锐骑兵一万七千人，分由诸将统领。

崇祯七年间江南省的各种财政收入，除上缴朝廷之外，半数用于军事开支。至于这一年朱斌究竟聚敛到了多少银子，有传闻说为二千八百万两，已超过朝廷财政总收入。对此武英侯朱斌竭力否认，却不肯明言究竟收入多少！

也就是在这一年间，后金军第二次入塞，蹂躏宣府、大同一带。吴三桂率军与后金反复血战，胜多败少。最辉煌的一次胜利，斩首一百七十八级，后金兵闻吴三桂之名而色变。

十二月，高迎祥、李自成联军自陕西入河南，攻克卢氏，并很快控制了洛南到南阳一带地区。

祟祯八年正月，高迎祥等破河南上蔡、荥阳、固始，贼兵共约二三十万人。得知洪承畴出关，与山东巡抚朱大典合兵来攻，贼兵中最强大者十三家七十二营首领聚会于荥阳，共商战略。

李自成提出“宜分兵定所向，联合作战，分兵出击”之策，分路发展，以疲敌军。决定出兵四路，西、南、北三面防御，主力向东突围。高迎祥与张献忠部东征安徽，攻打官军之薄弱点。一路势如破竹，连下固始、颖州、寿州等县，直薄凤阳，并焚烧了明皇陵，整个大明朝廷为之震动！

贼兵取得凤阳大捷后，高迎祥与张献忠分兵，西趋归德，进屯新郑、密县，入南阳。四月，又与罗汝才部由诸县、灵宝、陕州进入陕西，与张献忠会师于凤翔。

此后，高迎祥一直转战于陕、豫等省，明军将士闻风丧胆，使洪承畴难于兼顾。明廷乃命卢象升总理直隶、河南、山东、湖广、四川军务与洪承畴分掌军务，又不得胜，官兵左右为难，贼兵势大，朝廷一时间无计可施。