为了让这些百姓能够安居乐业，不仅多赐份地和田宅，而且还在边墙一带设立了大量军屯田和屯垦农庄，以军屯护卫边境，防止蒙古、满洲的残余部落袭扰内地。

同时在天法五年、天法六年两年间，顺军又在东北地区继续执行了进一步的犁廷军事行动，大军向西北、东北两条边境线出击，过松花江，远至黑龙江，大量搜括活动于当地的蒙古、满洲和索伦人部落，获其部众总计五万余人，刀甲威吓后方徐徐南行。

这些被远征军虏回内地的东北各族部众，此后又被安插到北京、天津和张家口附近居住，形成了一支类似明朝达官的少数民族势力。这些部众中的不少人，后来都参加了大顺军队，在世祖朝的准噶尔战争中起到了很大作用。

天法六年，刘芳亮从黑龙江凯旋回师以后，朝廷即在辽东边墙以外，又设立了黑龙江和吉林两个都督府辖区，从此开启了顺朝的都督府制度。

黑龙江和吉林两个都督府辖区，此时都直接受辽宁节度使的节制，在下级重要的行政官员则都由朝廷直接任命，不对都督负责。

都督有实权，但很难说是大是小，边界也难以确定。

都督军政一把抓的大权，受到来自朝廷的无数限制。朝廷和辽宁方面总是不断进行指指点点，调整制度设计。来自朝廷的诏令层出不穷，其中许多并不符合都督府辖区的现实，但都督也只能想办法执行。

与此同时，朝廷又对都督防备重重，谨慎把握任期，只选择最受信任的人担任该职，而且往往从远离东北的南方人中挑选。

都督的职权多，范围广，但是由于职权边界不明确，几乎处处都受到其它衙门的牵制。曾担任吉林都督的文臣刘钟泰就曾抱怨过“关外都督一人担关内节度、观察、采访、营田诸使职责任”，军事事务、司法事务、税收工作、处理部落问题、整备军务都需要自己负责，然而这些工作往往和其它衙门官署有交集，并随时需要听从朝廷的指导。

总的来说，是权力的分散和交错导致了都督们没有力量进行反叛。他们必须也只能在朝廷和都督府辖区各衙门官署之间寻找平衡，充当制衡者和中介人的角色。

在顺朝的历史上，严格意义上来说并非没有“叛变”的都督。这唯一一位叛变的都督，就是青丘州末代大都督，他发现青丘除了少数大城市之外都赞成独立派军官团主张的共和国计划后，决定同意独立派的主张，签订了独立条约，并借此成为了青丘共和国制宪和政事堂会议的一员。