也是在这一年的四月十一日，皇太极即皇帝位于盛京，改国号为大清，朝鲜春信使罗德宪、回答使李廓虽然被强迫参加贺礼，却拒绝三跪九叩，被皇太极遣返回国，清朝与朝鲜的紧张关系骤然升级。

在随后的几个月时间里，朝鲜分化为金尚宪为首的斥和派与崔鸣吉为首的主和派，斥和派占朝鲜士大夫的绝大多数，但朝鲜国王李倧内心偏向主和派，所以在十月向清朝派遣译官送去国书，委婉地向清朝表达恳求和谈之意，却遭到皇太极拒绝，战争遂不可避免。

丙子胡乱的战事，由于由于朝鲜同清朝实力悬殊加上金自点等将帅的无能，清军不费吹灰之力就逼近汉城，十二月十四日，朝鲜国王李倧安排王世子、大君、宫中女眷、大臣家眷等先到江华岛避难，自己稍后出发。

此时清兵先锋已经追到汉城近郊，而到江华岛还需要两天，朝鲜君臣担心途中被清兵俘虏，所以选择就近逃到南汉山城。

这就是李来亨那个世界中，曾被拍过电影的南汉山城之围了。

朝鲜八道的勤王军被皇太极轻易击溃以后，南汉山城守军几次出击，也都惨败而归，从此只能龟缩不出。

清军主力悉数抵达，把南汉山城围得水泄不通。朝鲜君臣绝望之下，只能同清军议和，接受了清朝提出的断绝对明关系、向清朝称臣纳贡的盟约。

李倧本人也在风雪之中，穿着蓝染衣，骑着白马，率世子及50多名随从官员出南汉山城西门，在汉江南岸的三田渡向皇太极行三跪九叩之礼，然后改换穿皇太极所赐的貂裘谢恩。

丙子胡乱后，清军撤军，带走了作为人质的昭显世子、凤林大君与约五十万万朝鲜俘虏回国。力主斥和的洪翼汉、吴达济、尹集三学士也被带到盛京处死。

此后朝鲜不仅向清朝称臣纳贡，还被迫出兵帮助清朝攻打明朝，发兵参与了皮岛、松锦的相关作战。

朝鲜国王李倧在此后尽可能顺从皇太极之意，对耻于向满清称臣的大臣则深恶痛绝。他认为所受之辱都是斥和派造成的，直斥斥和派“误国”，又说：“此辈以国之存亡置之度外，谋占美名，党同伐异，竟使宗国覆没，甚可恶也！”