洪武帝颁布的《御制孝慈录》改变了“国无二尊、家无二斩”的老规矩,提倡“父母同尊”，皇室则实行帝后合葬，皇帝和元后同庙，一同享受祭祀的制度。

故马皇后去世，朝中大臣服斩衰二十七日除服,百日内穿素服,官员百日内禁止音乐祭祀,停嫁娶,民间一个月内，葬礼规格高于以往历朝历代的皇后。

八月。

凡在京的文武百官穿素服入朝,行奉慰礼。

武官五品以上,武官三品以上的诰命夫人穿着麻布衫、麻布裙、麻布盖头、麻布鞋，不准施脂粉和金银首饰，依次去坤宁宫行礼。

洪武帝拟定了马皇后的谥号——孝慈，故马皇后以后皆被称为孝慈皇后。

洪武帝召已经就藩的藩王们回京城参加孝慈皇后葬礼。连在圈禁在凤阳乡下种地的废秦王爷召回京城。

九月。

孝慈皇后神位已成，梓宫即将发葬,告太庙，祭钟山之神,祈祷神灵保佑皇后地下安宁。

一切准备妥当，各地藩王们也都赶到京城哭灵送殡。太子朱标带着亲王公主们送孝慈皇后梓宫入钟山孝陵，在钟山脚下时,原本晴好的天气突然风雨大作,道路难行,眼看着要误了入葬地宫的吉时。

悲伤的洪武帝暴怒,正要斩杀算日子的钦天监，幸亏送葬队伍里的高僧宗泐灵机一动，说了四句偈语：“雨落天垂泪，雷鸣地举哀。西方诸佛子，齐送马如来。”

意思是孝慈皇后之死，引得天地同悲，感动诸佛来送皇后。

洪武帝听了，方放过倒霉的钦天监。这时宗泐带领手下高僧道衍禅师等一起念经祈福，也是神了，一通经书过后，雨止云开，送葬队伍继续前行。

洪武帝坚信这是神迹出现，对念经的几位高僧另眼相看，悲伤不已的洪武帝顺手将几位高僧一一指给几位藩王，“高僧跟着你们回到藩地，你们要为高僧建寺庙，时常去为孝慈皇后祈福，不得有误。”

藩王们和高僧应下，道衍禅师指给了四皇子燕王朱棣。

九月底，藩王们陆续带着洪武帝指给的高僧回到藩地，建立寺庙寄托对孝慈皇后的哀思。

由于秦王在葬礼上几次哭晕过去，表示痛改前非，加上大明忙着南征，沐英等名将齐聚云贵之地，防守空虚，北元又开始屡屡扰关。鉴于此，洪武帝命魏国公徐达去了东北守边，并且决定再给儿子一次机会，恢复了他的亲王爵位，命令他回藩地，守护西北边关。

第二个消息对于正在孝陵里喂鹿的胡善围而言，着实是个坏消息。

鹿是吉祥之物，洪武帝大手一挥，在孝陵一次性放养了两千头……

洪武帝觉得鹿是吉祥物，根本没有考虑如何养活，陵区的那些树木花草，根本不够养活两千头鹿，何况十月都霜降了，万物凋零，能吃的东西更少，两千头鹿的配给和军马一样，吃着草料豆饼等物。

除了喂两千头鹿，胡善围还要养明德夫人进贡的那对绿孔雀，每天忙于伺候飞禽走兽，几乎没有时间悲伤。

自打八月初十孝慈皇后去世，胡善围就被毛骧依照孝慈皇后的遗言送到孝陵来了，她要守孝陵三年，不得出陵区半步，形同软禁，也是一种保护，毕竟依照洪武帝的脾气，谁敢在孝陵搞事情，基本和求死差不多了。

孝慈皇后用这种果断的方式切断了胡善围和宫廷的关系，就像初入宫廷时在藏书楼里，几乎与世隔绝。藏书楼至少在宫廷，孝陵在郊区钟山。以前宫廷相好的女官也很难来这里。

给她带来秦王恢复爵位消息的正是同样关注秦王一举一动的马三保。当年秦王被前行掳夺残害的童男童女只有马三保还活着，秦王妃王氏带发修行，被封为清净仙师，阉童马三保一直在庵堂伺候王氏，和胡善围偶有来往。

三年过去了，阉童长成身量未足的少年，马三保气恼的将一个豆饼投给梅花鹿，“这样禽兽般的人，流了几滴鳄鱼眼泪，居然也有再来一次的机会！那些惨死的人呢？被割了舌头的刘司言呢？谁给她们机会？”