在1868和1870年期间来自俄国的女生增加了学校的女生数量。安娜图马金（annatumarkin）于1898年在伯尔尼大学获得大学授课资格（habilitation），成为欧洲第一位拥有博士头衔和大学授课资格的女教授。

之前的神学院和大学院坐落于伯尔尼的巴修色修道院（barfussermonastery），1678到1684年修道院被改建成一座巴洛克风格的建筑，在十九世纪晚期伯尔尼大学的自然科学学院离开了市中心的修道院搬入自己的大楼。

1903年坐落于格劳森商策的伯尔尼大学主楼落成。

世纪之交的伯尔尼大学，学院和系所都得到了增加。

1874年建立的基督天主教神学学院被视为国家建立独立于罗马教皇的国教的基础。

兽医学学院与1868年从伯尔尼大学分离出去，于1900年作为伯尔尼大学的一个学院重新得到回归。哲学学院的两个专业方向在十九世纪逐渐分离，1921年哲学学院正式分为哲学历史学学院和哲学自然科学学院。

原来位于法学院的经济学声名鹊起，1912年成为法学院的一个独立部门，1954年原法学院更名为法学和经济学学院。

到二战结束，经过了一段时期的扩张使伯尔尼大学在经济和文化领域中获得了广泛的赞誉。

五十年代到六十年代，国家对人才储备和教育部门在学术和科技领域的扩张的需求显著增加。

到1956年伯尔尼大学拥有教授250位，学生2122名，随后伯尔尼大学进入高速发展时期。

伴随着发展，伯尔尼大学在空间上也得到扩张。为了获得更大的空间，人文学院从大学主楼搬出，并对瑞士著名的陶伯乐（tobler）巧克力工厂原址进行改造，改造后的建筑在国内外获得了极高的评价，这一建筑成为了伯尔尼大学的人文与社会学学院所在地。

伯尔尼大学始终以校训中的使命来鞭策其发展，即以最高的标准来制定伯尔尼大学的办学方针，同时以多边灵活的教学方法将伯尔尼大学办成世界一流大学，时刻履行校训中的使命。

为缩短师生之间的距离、增进理解，伯尔尼大学有意将学生和老师安排在一个生活区中。因此不论是知名的教授还是讲师，不仅在课堂上为学生传道授业，同时还帮助学生解决在生活上遇到的各种问题与困难。

他们很注重培养融洽的师生关系，由于该大学师生之间的关系融洽，使得伯尔尼大学不断吸引着世界各地的学生到此求学。