明成祖于是大力擢升燕京北平府的地位，以北平为北京，改北平府为顺天府，称为“行在”。同时开始迁发人民以充实北京；被强令迁入北京的有各地流民、江南富户和山西商人等百姓等。

永乐四年（1406年），明成祖下诏以南京皇宫（南京故宫）为蓝本，兴建北京皇宫和城垣。

朱棣先派出人员，奔赴全国各地去开采名贵的木材和石料，然后运送到北京。光是准备工作，就持续了11年。

珍贵的楠木多生长在崇山峻岭里，百姓冒险进山采木，很多人为此丢了性命，后世留下了“入山一千，出山五百”来形容采木所付出的生命代价。

开采修建宫殿的石料，同样很艰辛。现在保和殿后那块最大的丹陛石，开采于北京西南的房山。

史书记载了运送它时的情景：数万名劳工在道路两旁每隔一里左右掘一口井，到了寒冬腊月气温足够低时，就从井里汲水泼成冰道，用了28天的时间，才送到了宫里。此外，还要在苏州烧制专供皇家建筑使用的方砖——金砖，山东临清也要向北京运送贡砖。

永乐七年（1409年），明成祖以北京为基地进行北征，同时开始在北京附近的昌平修建长陵。将自己的陵墓修在北京而不是南京，证明明成祖已经下定决心要迁都。

永乐十四年（1416年），明成祖召集群臣，正式商议迁都北京的事宜。对于提出反对意见的臣工，明成祖一一革职或严惩，从此无人再敢反对迁都。

次年，以南京紫禁城为模板的北京紫禁城正式动工。永乐十八年（1420年），北京皇宫和北京城建成。北京皇宫以南京皇宫为蓝本，规模稍大。新修的北京城周长四十五里，呈规则的方形，符合《周礼?考工记》中理想的都城的形制。

明成祖下诏正式迁都，改金陵应天府为南京，改北京顺天府为京师，但在南京仍设六部等中央机构，称南京某部，以南京为留都。

故宫建成后，明清宫廷五百多年的历史，包含了帝后活动，等级制度、权力斗争、宗教祭祀等。

永乐十八年（1420年），北京宫殿竣工。

次年发生大火，前三殿被焚毁。

正统五年（1440年），重建前三殿及乾清宫。天顺三年（1459年），营建西苑。经历永乐、洪熙、宣德、正统四代，整20年。[12]

明人绘《北京宫城图》

嘉靖三十六年（1557年），紫禁城大火，前三殿、奉天门、文武楼、午门全部被焚毁。

至嘉靖四十年（1561年）才全部重建完工。

嘉靖时期，故宫三大殿名称改为皇极殿、中极殿、建极殿。

万历二十五年（1597年），紫禁城大火，焚毁前三殿、后三宫。复建工程直至天启七年（1627年）方完工。

在明朝，乾清宫是皇帝的主要寝宫，也是主要政治活动场所。自永乐皇帝朱棣至崇祯皇帝朱由检，共有14位皇帝曾在此居住。由于宫殿高大，空间过敞，皇帝在此居住时曾分隔成数室。

据记载，明代乾清宫有暖阁9间，分上下两层，共置床27张，后妃们得以进御。由于室多床多，皇帝每晚就寝之处很少有人知道，以防不测。皇帝虽然居住在迷楼式的宫殿内，且防范森严，但仍不能高枕无忧。

据记载，嘉靖年间发生“壬寅宫变”后，世宗移居西苑，不敢回乾清宫居住。

万历帝的郑贵妃为争皇太后闹出的“红丸案”、泰昌妃李选侍争做皇后而移居仁寿殿的“移宫案”，都发生在乾清宫。明代乾清宫也曾作为皇帝守丧之处。

崇祯十七年（1644年），李自成军攻陷北京，明朝灭亡。

李自成向陕西撤退前焚毁紫禁城，仅武英殿、建极殿、英华殿、南薰殿、四周角楼和皇极门未焚，其余建筑全部被毁。同年清顺治帝至北京。

此后历时14年，将中路建筑基本修复。